Bei der Orgel in der Streufdorfer Marienkirche handelt es sich um eines der prächtigsten Instrumente des barocken Orgelbaumeisters Dotzauer aus Hildburghausen. Bereits in der ältesten überlieferten Disposition umfasste sie 17 Register mit drei Nebenzügen. Erbaut wurde die Orgel im Jahr 1737. Im Laufe der Jahrhunderte musste sie viele Reparaturen und Eingriffe über sich ergehen lassen.

"Anno 1783, im Monat May ist die Orgel völlig reparirt, und sind die 4 Blaßs-Bälge oben auf den Kirch-Boden geleget worden, vom Orgelmacher ** Henne in Hildburghausen" - so heißt es in einer Inschrift auf der linken Gehäusetür. Bereits im Mai 1777 war die Orgel repariert worden, weitere Reparaturen erfolgten 1828 und 1829 durch die Orgelbauer Heybach und Erdmann, 1842 durch Kantor Trütschel, 1861 Reparatur und Stimmung Michael Schmidt, ebenso 1866-68 durch dens. sowie Ferdinand Möller. 1892 legte Theodor Kühn einen Kostenvoranschlag für eine romantische Umdisponierung und Umgestaltung vor, der vermutlich 1793 in die Tat umgesetzt wurde. 1897 musste die Orgel erneut repariert werden, diesmal von Christoph Müller.