Die Orgel in der Kirche zu Pfersdorf wurde 1716 von Georg Caspar Schippel, dem privilegierten Hoforgelmacher in Sachsen-Hildburghausen, erbaut. Sie ist sein einziges noch erhaltenes Instrument. Zudem ist sie das älteste erhaltene Werk im gesamten Landkreis und typisch für eine kleinere Orgel des Barock. Sie eignet sich in erster Linie für die Begleitung des Gemeindegesangs, wird durchaus aber auch einem großen Teil der konzertanten Orgelliteratur gerecht.

Im Jahr 2000 wurde die Pfersdorfer Orgel durch Orgelbau Hey umfassend saniert und restauriert.

Der Octavbass 1' war vermutlich als eine Art "Mini-Pedalmixtur" gedacht, zur Verstärkung des Pedals in hohen Frequenzen. Unklar ist, ob er je eingebaut wurde. Für das Cantus-Firmus-Spiel im Pedal konnte er nicht verwendet werden, da das Pedal fest an das Manual gekoppelt ist.

Siebenteilige Anlage des Prospektaufbaus. Ähnlich gestalteten auch Christoph Krapp und Nikolaus Seeber ihre Prospekte.

Eine seit dem Mittelalter übliche Praxis ist das Bemalen der hölzernen Pedalprospektpfeifen (Principalbass 8'). Jede Pfeife symbolisiert durch die Bemalung einen singenden Menschen. Auf diese Weise konnte das frühere Verbot der Orgel als Musikinstrument in der Kirche aufgehoben werden. Denn beide, Mensch und Orgel, können ohne Luft nicht zum Singen und Klingen gebracht werden ...